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生物学论文_昆虫基因组组装大小偏差的原因解析

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关键词:

摘要：

文章目录

1 材料与方法

1.1 材料

1.2 方法

1.2.1 应用流式细胞术测定昆虫基因组大小

1.2.2 昆虫基因组组装数据收集及组成元件相关性分析

1.2.3 流式细胞术估测与组装基因组大小的交集与比较

1.2.4 昆虫基因组大小差异与组装信息及特性分析

2 结果与分析

2.1 21种昆虫基因组大小的流式细胞术估测结果

2.2 昆虫基因组组装大小及组成元件相关性分析

2.3 流式细胞术估测与组装基因组大小之间的比较

2.4 不同目昆虫之间的基因组大小差异

2.5 昆虫基因组大小差异与测序平台和组装软件的关系

2.6 昆虫基因组大小差异与基因组特性的关系

3 讨论

文章摘要:为明确昆虫基因组组装大小产生偏差的原因,利用流式细胞术估测来自6目10科的21种常见农业昆虫的基因组大小,同时从动物基因组大小数据库收集和整理1 345个经流式细胞术估测的昆虫基因组大小信息,并从NCBI、GigaDB、DDBJ、i5k workspace@NAL、InsectBase和VectorBase等14个物种遗传信息数据网站获取536种昆虫的基因组组装信息进行比较分析。结果表明,收集的昆虫中有202种同时具有流式细胞术估测的基因组大小和基因组组装大小的信息,以更接近真实值的流式细胞术估测基因组大小为参照,比较发现其中42种昆虫的基因组组装大小偏大,98种昆虫的基因组组装大小偏小,而62种昆虫的基因组组装大小和经流式细胞术估测大小相似。基因组组装大小比经流式细胞术估测大小更大的物种,通过Wilcoxon秩和检验发现显著具有更多的重复序列,但与GC含量、contig N50及基因组测序和组装策略并无显著相关性。综合分析认为,在大多数情况下昆虫基因组组装大小更小,表明组装并不完整,但在重复序列占比较高的情况下,昆虫基因组的组装出现了冗余,导致组装大小更大。

文章关键词:

论文DOI:10.13802/j.cnki.zwbhxb.2021.2021878

论文分类号:Q963

文章来源：《应用昆虫学报》网址: http://www.yykcxbzz.cn/qikandaodu/2022/0301/1691.html